La dimension spirituelle en fait pleinement partie, suivant la formulation de l’OMMS : « Contribuer au développement des jeunes en les aidant à réaliser pleinement leurs possibilités physiques, intellectuelles, sociales et spirituelles en tant que personnes, citoyens responsables et membres des communautés locales, nationales et internationales. » Les EEUdF se sont approprié cette dimension spirituelle qui est également portée par le projet éducatif : « Notre inspiration chrétienne repose en effet sur la conviction que la rencontre avec Jésus-Christ contribue à trouver un sens à sa vie. »